双侧6厘米大小的卵巢巧克力囊肿建议先手术。巧囊的手术原则是超过5厘米，当然，如果条件不好，比如卵巢功能特别差，做完这个手术之后会取不出来卵，可以到生殖中心先取卵，然后再手术，总之应该是生命安全第一，然后再是生育。如果确认这就是一个巧囊，没有恶变的可能，大部分情况下直接做试管是没有问题的，但是超过6厘米还是应该以切瘤子为主。
巧囊做试管要不要先手术
大部分单侧卵巢巧克力囊肿的患者，如果疼痛症状明显，超过五公分以上，或是一直无法受孕，可以考虑腹腔镜手术治疗，术后受孕能力与一般人相当，不过仍有少部分患在术后发现排卵功能较差。两侧卵巢巧克力囊肿的病患，合并盆腔粘连的几率也较大，因此手术后接受人工授精或试管婴儿治疗的成功率较低。
此外，越来越多研究认为手术对试管婴儿成功率没有提升，反而可能导致卵子库存量降低，因此，对于高龄且患有巧囊的患者来说，当求孕意愿强烈时，应该选择先做试管婴儿，这才是是明智的。